Organizaţia sindicală reprezintă o structură obştească, ordonată pe principii benevole profesionale, menită de a apăra multilateral interesele (profesionale, economice, de muncă şi sociale, colective şi individuale) membrilor săi plasaţi în câmpul muncii.
Comitetul sindical al colaboratorilor CML este afiliat al Sindicatului independent «Sănatatea».
În activitatea sa organizaţia sindicală este independentă de autorităţile publice de toate nivelurile, partidele politice.
Activitatea sindicală reprezinta o parte constitutivă a vieţii Centrului, interesele sindicatelor reieşind din cele ale întregului colectiv al colaboratorilor, pe care îl reprezintă în relaţia cu conducerea Centrului.
Obiectivul principal al organizaţiei sindicale a CML constă în apărarea drepturilor şi intereselor profesionale, în organizarea protecţiei muncii, social-economice, juridice, în susţinerea tratamentului şi odihnei membrilor săi.

Componența Comitetului Sindical al Centrului de Medicină Legală este următoarea:

Presedinte al Comitetului Sindical – Victor Capcelea
Secretarul – Maia Botezatu
Trezolier – Raisa Munteanu
Membrii: Adelina Pădure, Sergiu Solovei

În prezent în cadrul Centrului activează 139 membri ai organizaţiei sindicale.

Comitetul Sindical este afiliat al Federaţiei Sindicale „Sănătatea” din Moldova.